Las recientes críticas a la institución se han presentado luego de que el comandante general, Eduardo Zapateiro, contestara en Twitter al candidato presidencial del Pacto Histórico, Gustavo Petro.
Según la Fiscalía, Ballesteros sostuvo reuniones con el abogado Luis Gustavo Moreno Rivera y le entregó 200 millones de pesos para favorecerlo en un proceso penal que se seguía en su contra.